Per poter avere dei prodotti idonei al consumo dei celiaci è necessario che le aziende produttrici applichino un corretto piano di controllo delle materie prime e del prodotto finito; inoltre occorre monitorare costantemente il processo produttivo, gli ambienti di lavoro, le attrezzature, gli impianti e gli operatori.
Tutto questo diventa ancora più importante se si considera che possono verificarsi, durante le produzioni, pericolosi fenomeni di contaminazione crociata da glutine. Così, estremizzando, può accadere (soprattutto per alcune categorie di prodotti come gli sfarinati) che da un ingrediente naturalmente privo di glutine si ottenga un prodotto finito (amidi, farine, fecole, ecc.) contaminato.
Se, ad esempio, nel medesimo molino viene lavorato anche del frumento o un altro cereale proibito, sussiste un forte rischio di contaminazione dei prodotti finiti, per presenza di glutine negli ambienti di lavoro e nei sistemi di trasporto utilizzati.
Per questo motivo alcuni prodotti, anche se preparati o derivati con ingredienti naturalmente privi di glutine, sono considerati alimenti a rischio.